1968 yılında 110 yatak kapasitesi ile hizmet vermeye başlayan hastanemiz, 2005 yılında 510 yatak kapasitesine yükseltilerek vatandaşlarımıza daha geniş alanda hizmet vermeye devam etmiştir. Ancak fiziki yapısı itibarıyla günümüzün ihtiyaçlara cevap vermekten uzaklaşması neticesinde 196.071 metrekare kapalı alana inşa edilen şimdiki modern binasına 03.04.2017 tarihinde taşınmıştır. Yeni yerleşkesine taşınmasıyla birlikte Balıkesir Atatürk Şehir Hastanesi ismini alarak hizmet vermeye devam etmektedir.
26 Temmuz 2020 tarihinde Sağlık Bakanlığı tarafından 1.100 yataklı eğitim ve araştırma hastanesi olarak ruhsatlandırılan hastanemiz, Ağustos 2021’de Sağlık Bilimleri Üniversitesi ile afiliasyon sağlamıştır. İlk kez 2024 yılında eğitim kliniği olmaya hak kazanan bölümlerimiz, Tıpta Uzmanlık Sınavı (TUS) 2024/2. Dönem sonuçlarına göre asistan eğitimine başlamıştır.